在台式高速冷冻连续流离心机分离过程中，离心力、液流速度、样品颗粒的理化性质、要求的纯度与采用的操作方法密切相关。
一、离心力和液流速度：
选择离心力和液流速度要在样品悬浮液进入转子分离腔到离开分离腔的过程中，使分离的颗粒刚好从流动悬浮液中沉降出来。较大的离心力和较低的样品流速有利于悬浮颗粒的沉降，提高澄清度，但沉淀中杂质含量也会提高，降低分离效果。
二、样品颗粒的理化性质和要求的纯度：
样品颗粒的理化性质，尤其是生物活性主导的样品中沉降出的颗粒沉淀在转子壁上，转子停止后刮出沉淀。有些颗粒如病毒形成沉淀后毒力会大大降低，可在转子壁上预先铺放一密度较高的垫层，沉降出的病毒颗粒浓缩在垫层上。有时为了在分离的同时对沉降颗粒进一步纯化，可在转子底部铺放一密度梯度柱，从悬浮液中沉降出的颗粒进入密度梯度，在梯度中形成不连续区带，在分离的同时可获得比较理想的纯化。