立式大容量冷冻离心机分离生物大分子的沉降速度比较小，生物大分子通过介质达到等密度位置所需要的时间很长，因此要选择沉降路径短和离心力场强度大的高效能转子。
实践证明，选择小角度角转子和垂直转子符合大多数生物大分子的分离要求。在这些转子中梯度柱的底部和顶部距旋转轴的距离之差较小，生物大分子移动的有效路径短，容纳生物大分子的区带横截面大，因此梯度容量也大。
应尽量避免使用长水平转子，在其中生物大分子移动路径长，分离时间长，并且由于梯度横截面小会引起梯度过载，导致区带变形。
当然，不是说其它类型的转子就不能进行生物大分子的等密度分离。沉降系数大的生物大分子可以使用小角度角转子和垂直转子，也可以使用水平转子。区带转子由于分辨率高，在分离大量生物大分子样品中得到了普遍应用。