质谱仪具有灵敏度高和定性能力强等特点，但要求进样纯。气相色谱仪具有分离效率高和定量分析简便等特点，但定性能力较差。这两种仪器若能联用，可以相互取长补短，必将成为复杂有机化合物定性和定量分析的重要工具。
气相色谱仪是质谱仪理想的进样器，样品经气相色谱仪分离后以纯物质形式进入质谱仪，可充分发挥质谱仪的特长。质谱仪是气相色谱仪理想的检测器，气相色谱仪所用的检测器，如氢火焰离子化检测器、热导池检测器和电子捕获检测器等都具有局限性，而质谱仪能检出几乎全部化合物，灵敏度很高。所以，气相色谱仪与质谱仪联用后既发挥了气相色谱仪的高分离能力，又发挥了质谱仪的高鉴别能力。
气相色谱质谱联用仪可用于：
1、准确测定化合物的分子量。
2、确定化合物的分子式。
3、鉴定化合物的分子结构。
4、修正气相色谱仪分离分析中的错误判断等。
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