关于此次水库治理方法的争议，主要争议了以下几种治理方法:
（1）化学方法：使用硫酸铜、活性剂、聚合氯化铝等化学药剂，杀灭、絮凝或沉降过多的浮游生物、藻类。
(2) 微生物的方法：安装新诺美微孔曝气增氧机进行曝气复氧、布置一定的人工草地或投入微生物菌剂。
（3）生物技术的方法：建立人工生态系统。
（4）生态方法：安装新诺美微孔曝气增氧机曝气复氧，并投加锁磷剂降磷控藻，改善水质。
经验丰富的水产养殖专家介绍采访时，说道：“经常采用化学方法容易引起化学物质积累，导致二次污染；还会使藻类浮游生物产生耐受性。微生物方法中的曝气复氧确实是有一定的综合作用。布置人工草地和投入微生物菌剂的治理方法见效慢，效果也一般。这次争议中，生态方法才是水库治理最好的方法。”