4月14日，记者从环保部获悉，中央第三环境保护督察组当日向湖北省反馈了督察情况，指出湖北省生态环境类指标权重下降近半，存在水域滩涂违规养殖、水资源过度开发、等问题。
按照党中央、国务院统一部署，2016年第二批7个中央环境保护督察组于11月24日起陆续对北京、上海、湖北、广东、重庆、陕西、甘肃等省（市）实施督察进驻。
督察指出，湖北省主要存在部分环境保护工作推进落实不够、水资源过度开发带来的环境问题凸显、长江环境保护形势不容乐观等三方面主要问题。
2015年对地市党政领导干部政绩考核中，主要经济指标权重基本稳定，但生态环境类指标权重却从上年13%——21%下降到6%——12%。一些地市考核导向更不合理，荆门、潜江等地将招商引资任务完成情况列为环保部门年度评先评优的“一票否决”项。有些地方党委一年到头很少研究环境保护工作，2013年至2015年，咸宁市委常委会从未研究环境保护议题。
2012年10月施行的《湖北省湖泊保护条例》规定，湖泊水域禁止养殖珍珠，禁止围网、围栏养殖，已围栏围网的须限期拆除，但直到2015年农业部门仍在违规发放水域滩涂养殖证，给湖泊水环境保护带来巨大压力。2015年6月，省经信委工作不严不实，将荆州群力金属制品有限公司大元分公司、宜昌市福龙钢铁有限公司两个已使用的淘汰产能指标再次作为咸宁金盛兰钢铁项目产能置换指标来源，不仅不利于大气环境治理，也为今后优化产业结构带来负担。仙桃市建成区约50万人口，建成的5座污水处理厂，仅1座能正常运行，大量生活污水、工业废水排放到通顺河。
全省共建成水库6275座，水电站1788座，汉江在流量减少的情况下，仍实施六级梯级开发，干流流速降低，水体自净能力下降，近年来年年发生水华。府澴河流域面积仅约1.8万平方公里，建设水库达888座，河流水体“湖泊”化，其中府河孝感段沿线共有涵闸56座、拦河坝8座，大多未依法开展环境影响评价。位于孝感的老府河，因上下游被人为闸断，长约19公里河流已成为一段死水，水质恶化严重。
填湖占湖问题依然存在，武汉官莲湖西北部10个湖边塘、硃山湖北部近200亩水面、汤逊湖约145亩湖边塘均属湖北省湖泊保护条例规定应予保护的水域，但全部被划出保护范围，并作为建设用地出让，在2013年以后被陆续填占用于工业和房地产开发。
湖泊非法养殖污染突出，洪湖作为国家级自然保护区，管理部门长期以渔业收费代替渔政执法，截至2016年11月拆围前，珍珠养殖面积达9950亩，围网养殖达15.5万亩，水质从2011年的Ⅱ类恶化到2016年的Ⅳ类。长湖、斧头湖、网湖等也存在大面积围栏围网养殖和投肥养殖情况。
东荆河潜江出境断面2015年总磷、氨氮年均浓度分别较2013年上升200%、250%；通顺河流经潜江境内仅15公里，水质急剧从Ⅱ类恶化到劣V类，氨氮浓度最高超过130毫克/升；沮河宜昌段受磷化工企业排污等影响，总磷污染严重。
沿江部分重化工企业环境违法问题突出，沿江8市（州）87个工业园区，近50%未配套建设集中式污水处理厂。布局在长江两岸的部分重化工企业污染防治措施不到位，偷排、超标排污等问题时有发生。宜昌等地区磷化工行业无序发展，加重了长江支流及干流总磷污染。同时，码头、排污口监管不力，一些非法码头和入江排污口增加了长江环境风险。
此外，武汉市环境形势严峻。2015年，全市166个湖泊中，水质优于Ⅲ类的仅占4%，劣于V类的高达23%；与2013年相比，30个湖泊水质变差。生活污水直排问题突出，青山区东部地区约1.7万立方米/日生活污水通过白玉明渠直排北湖，现场监测cod浓度高达161毫克/升。督察组随机抽查长江、汉江沿线60个雨水排口，有42个混入生活污水。生活污水处理厂污泥违法处置情况较为突出，武汉正源污水处理有限公司、汉西污水处理厂多次偷排或乱倒污泥。建筑垃圾违规堆填于鱼塘、蓄洪垸、农田等低洼之地，导致城市防洪防涝能力下降。
数据显示，督察组交办的1925件环境问题举报已全部办结，责令整改917家，立案处罚359家，行政拘留23人，刑事拘留5人，问责522人，约谈945人。
