自中央环保督察工作开展以来，海北藏族自治州祁连县扎实开展水环境治理，落实河长制责任，在全域范围内坚持重点防控、全域共治，实施最严格水环境监管，全面推进边督边改工作。
祁连县全面推行河长制，先后建立了县、乡(镇)、村三级河长体系，推行河长制实现全覆盖，并在黑河、八宝河、大通河、纳子峡水库等重点河段设立河长制公示牌16块。聚焦治污、建堤、增绿三大重点，实行“问题清单+责任清单”挂图作战，把责任细化，实行全过程、全方位、全时段监控，确保水环境问题有人抓、有人管、有人治。同时，编制“一河一策”“一湖一策”实施方案，制定年度工作目标、问题、任务、责任清单，多部门配合形成全域管治强大合力。
在把握用水总量控制、用水效率控制、水功能区限制纳污“三条红线”的同时，实行重要水源地例行监测、地表水污染源监测和地下水抽样监测。
针对河道口沙石料场破坏生态环境有关问题，采取“先关停、后取缔”的方式彻底整改，建立全方位、全覆盖、无缝隙的小水电生态基流监管体系，综合施策治理河道，推动水体环境持续改善。
