《决定》提出，2019年，汾河流域13个国考地表水断面中优良水质断面达到5个以上，劣Ⅴ类水质断面控制在5个以内，汾河入黄口庙前村断面、岚河曲立断面、浍河西曲村断面必须退出劣Ⅴ类。2020年，全面消除劣Ⅴ类断面，优良水质断面扩大至6个以上，其他各断面水质在原有基础上有明显提升，汾河水源地（包括汾河二库）水质保持在Ⅱ类以上。
根据《决定》，太原市、晋中市、临汾市、运城市要率先实现建成区污水全收集、全处理，忻州市、吕梁市建成区以及汾河流域的县（市）生活污水收集率达到90%以上。2019年底前，保证运城市、临汾市、霍州市、洪洞县、灵石县等市、县新建、扩建城镇生活污水处理厂建成投入运行。
《决定》要求，今年太原市建成区全面消除黑臭水体，其他设区的市建成区黑臭水体消除比例达到95%以上。各级河长应当担负起治理的主体责任，对所有河渠内垃圾淤泥、入河排污口、排污企业全面排查，实行清单式管理，严格监测排污口达标情况，制定排污口管理标准，封堵非法排污口，确保源头污染治理到位。
此外，汾河干流及主要支流相关农村生活污水处理设施及配套管网须加快建设，沿河乡镇要建设一批畜禽粪污集中处理有机肥示范工程。2019年，全流域畜禽粪污综合利用率达到85%以上，规模养殖场粪污处理设施装备配套率达到95%以上。大型规模养殖场粪污处理设施装备配套率达到100%，2019年10月底未建成的一律关停。
