某商船有限公司的轮船使用的船用燃油，超出规定含硫量5倍多，导致船舶尾气排放超标污染大气环境。上海人民检察院三分院（下文简称“上检三分院”）与这家商船有限公司就公益损害赔偿达成协议，并获得上海海事法院司法确认，涉案商船公司支付了全部赔偿款。
今年2月，上海铁路运输检察院在履行公益诉讼监督职责中发现，2019年5月，浦东海事局在对我国船舶大气污染物排放控制区内过往船舶尾气进行监测时发现，新加坡籍某轮船涉嫌使用硫含量超标的船用燃油，并对这一轮船进行了行政处罚。
上海铁检院通过上海市人民检察院将这一线索移送上检三分院。上检三分院提起了诉讼。
经调查，上检三分院确认侵权主体为涉案船舶经营商，某商船有限公司经营的涉案轮船在进入划定的船舶大气污染物排放控制区航行时，为节省航运成本，使用价格较低的高含硫量船用燃油，其硫含量超出规定5五倍多，致使船舶尾气排放超标污染大气环境，违反了《大气污染防治法》、交通运输部《船舶大气污染物排放控制区实施方案》的相关规定，损害社会公共利益。
上海海事大学和上海环境科学研究院对船舶使用超标燃油节约的成本和环境空气敏感系数做出专家鉴定意见，采用虚拟治理成本法算出环境受损量化金额为42929.58元。
磋商之后，涉案某商船有限公司与上检三分院达成一致，并签订了《公益损害赔偿协议》，承诺于2020年11月30日前支付公益损害赔偿款42929.58元，对违法排放污染环境行为向社会公众表示歉意。协议双方随即向上海海事法院申请司法确认。11月20日，上海海事法院裁定对公益损害赔偿协议的效力予以确认。6日后，涉案某商船有限公司履约赔款及道歉，案件办结。
记者了解到，本案中的“诉前磋商+司法确认”办案模式是上检三分院对侵权事实清楚、标的较小、侵权人对侵权行为全面确认的案件的首次尝试，也是对公益诉讼办案的创新探索。
