在审议过程中，市人大常委会组成人员围绕注重处理好“繁与简”“加与减”的关系，处理好饮用水安全、水污染治理及水生态、水环境的关系，处理好经济发展、环境保护和群众生产生活之间的关系，慎重提出草案修改意见。
审议认为，流域水环境保护应当坚持规划先行，提高科学治水的水平。为此，建议增加编制流域规划的相关规定：一是编制流域综合规划和区域综合规划，作为流域保护工作的基本依据；二是编制流域水污染防治规划，确定水环境质量改善目标；三是编制流域产业发展规划，推动发展绿色经济。
其中，综合规划方面，明确市水利主管部门负责牵头组织编制晋江、洛阳江流域综合规划，报市人民政府批准，作为控制开发利用、岸线蓝线管理、河道综合整治、水资源保护、水生态安全等流域保护工作的基本依据。
防治规划方面，明确由市生态环境主管部门负责牵头组织编制两江流域水污染防治规划；产业规划则由发改主管部门负责牵头组织编制。
围绕立法调研中发现的水污染问题，审议建议，要区分工业污染、城镇污染、农村污染和养殖污染等，进一步完善相关防治措施条款。
比如，工业污染治理方面，有的地方提出，两江沿线私设排污口偷排乱排问题仍然存在，应当加强排污口的管理——要求统一设置入河排污口标志牌，建立档案资料，定期监测水质，明文写入条款。
又比如，城镇污染治理方面，根据中央和国务院的文件对“加快补齐城镇污水收集和处理设施短板，尽快实现污水管网全覆盖、全收集、全处理”的要求，建议增加建设城镇污水集中处理设施及配套管网的相关规定。
在农村污染治理方面，要求制定农业面源污染综合防治方案，不得使用国家明令禁止的农业投入品；在养殖污染治理方面，在规范畜禽养殖的基础上，补充加强流域水产养殖管理的规定。
饮用水安全关系社会稳定、群众福祉。审议建议，细化饮用水水源保护的规定，详细列举相关禁止行为。为此，建议增加饮用水水源一级保护区、二级保护区和准保护区的禁止性规定；明确将饮用水水源保护区作为安全保护的重点目标。
