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1、松散度。生物发酵法从发酵的第四天开始松散，呈碎末状。
2、气味。生物发酵法从第2天开始臭味减轻，第4天基本消失，第5天完全消失，第7天散发泥土的清香。
3、温度。生物发酵法第2天达到高温阶段，到7天开始回落。保持较长时间的高温阶段，发酵腐熟彻底。
4、PH值。生物发酵法PH值达到6.5。
5、含水率。发酵原料初始含水率55%，生物发酵法含水率可降到30%。
6、铵态氮（NH4+-N）。发酵开始时，铵态氮的含量迅速增加，在第4天时达到最高量，这是因为氨化作用以及有机氮的矿化作用引起的，随后堆肥中的铵态氮由于挥发损失及转化成为硝态氮而逐渐减少。当铵态氮小于400mg/kg达到腐熟标志。生物发酵法铵态氮含量可降低到215mg/kg左右。
7、碳氮比。堆肥碳氮C/N比达到20以下，就达到腐熟指标。
8、大肠杆菌数和蛔虫卵死亡率。
粪大肠菌群数≤ 100个/克（mL）
蛔虫卵死亡率≥ 95%
9、种子发芽率。生物法发酵法发酵的牛（羊）粪发芽率达到80%以上。
牛（羊）粪中不仅含有丰富的营养成分，也含有部分有害物质。未经处理的牛（羊）粪中含有马尿酸等物质，马尿酸对植物的根系有害，未经发酵腐熟的肥料投入到农业中，将消耗作物根际土壤中的氧和烧伤作物根系。
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