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好氧堆肥是在通气条件好，氧气充足的条件下，好氧菌对废物进行吸收、氧化以及分解的过程。好氧微生物通过自身的生命活动，把一部分被吸收的有机物氧化成简单的无机物，同时释放出可供微生物生长活动所需的能量，而另一部分有机物则被合成新的细胞质，使微生物不断生长繁殖，产生出更多生物体。
通常，好氧堆肥的堆温较高，一般宜在55-60℃时较好，所以好氧堆肥也称高温堆肥。高温堆肥可以最大限度地杀灭病原菌及杂草种子，同时，对有机质的降解速度快，堆肥所需天数短，臭气发生量少，是堆肥化的首选。
堆肥原料要求
1、适用于堆肥原料密度为350~650kg/㎡
2、组成中（湿重）有机物含量不少于20%
3、原料含水率40%~60%
4、原料C/N比为（20~30）：1
5、PH值是中性或弱酸性6~9
好氧堆肥发酵
1、前期预混。将鸡（猪）粪、填充料等按比例在混料机内强制混合均匀
2、升温阶段。堆体温度逐步从环境温度上升到45℃左右，主导微生物以嗜温性微生物为主，有真菌、细菌和放线菌，分解底物以糖类和淀粉类为主。
3、高温阶段。堆体温度升至45℃以上即进入高温阶段，嗜温微生物受到抑制甚至死亡，而嗜热微生物则上升为主导微生物。堆肥中残留的和新形成的可溶性有机物质继续被氧化分解，复杂的有机物如半纤维素、纤维素和蛋白质也开始被强烈分解。微生物的活动也是交替出现的，通常在50℃左右时最活跃的是嗜热性真菌和放线菌，温度上升到60℃时真菌几乎完全停止活动，仅有嗜热性细菌和放线菌活动，温度升到70℃时大多数嗜热性微生物已不再适应，并大批进入死亡和休眠阶段。
4、降温阶段。高温阶段造成微生物的死亡和活动减少，慢慢进入低温阶段。在这一阶段，嗜温性微生物又开始占据优势，对残余较难分解的有机物作进一步的分解，但微生物活性普遍下降，堆体发热量减少，温度开始下降，有机物趋于稳定化，需氧量大大减少，堆肥进入腐熟阶段。
5、陈化阶段。发酵后的鸡（猪）粪尚未完全腐熟，需要继续进行陈化，陈化的目的是将鸡（猪）粪中剩余有机物进一步分解、稳定，陈化后期堆肥的温度逐渐下降，稳定在40℃左右，含水率可降低到20%~30%，堆肥腐熟后形成腐殖质。
发酵腐熟基本指标
1、松散度。生物发酵法从发酵的第四天开始松散，呈碎末状。
2、气味。生物发酵法从第2天开始臭味减轻，第4天基本消失，第5天完全消失，第7天散发泥土的清香。
3、温度。生物发酵法第2天达到高温阶段，到7天开始回落。保持较长时间的高温阶段，发酵腐熟彻底。
4、PH值。生物发酵法PH值达到6.5。
5、含水率。发酵原料初始含水率55%，生物发酵法含水率可降到30%。
6、铵态氮（NH4+-N）。发酵开始时，铵态氮的含量迅速增加，在第4天时达到最高量，这是因为氨化作用以及有机氮的矿化作用引起的，随后堆肥中的铵态氮由于挥发损失及转化成为硝态氮而逐渐减少。当铵态氮小于400mg/kg达到腐熟标志。生物发酵法铵态氮含量可降低到215mg/kg左右。
7、碳氮比。堆肥碳氮C/N比达到20以下，就达到腐熟指标。
8、大肠杆菌数和蛔虫卵死亡率。
粪大肠菌群数≤ 100个/克（mL）
蛔虫卵死亡率≥ 95%
9、种子发芽率。生物法发酵法发酵的鸡（猪）粪发芽率达到80%以上。
